Positionnement : M2M1 SdM ICSCT FdP

M2M1 : UE proposée au SFRI pouvant être prise indépendamment en 1^er ou 2^ieme  année de Master sans pré requis de M1

Crédits : 2 ECTS

Responsable : gilles.subra@umontpellier.fr

Programme :

Support en anglais

This introductionnary courses is devoted to the most advanced alternative solutions to conventional medicines in two different fields : Cell therapy and tissue engineering.

The first part is devoted to cell used as drugs , from its bascis understaing to the problem  raised for its large scale production.

• Stem cells and regenerative medicine
  Cells, a new category of drugs:  advanced therapy medicinal products  (ATMP). Regulatory aspects
  Pluripotent stem cells and their applications 2h JDV
  Hematopoietic stem cells
  Organoids

ATMP regulatory issues and cell therapy

Clinical trial methodology applied to ATMP

The second part of the course is focussed on tissue ingeneering and regenerative medicine, associated with 3D biofabrication.

• 3D printing in the medical field. Application to cartilage regeneration – Biofabrication and bioprinting
• Scaffolds for tissue engineering
• 3D printers for bio-printing
• design of bio-inks

Key words: Organoids, Cell therapy, ATMP, bio-manufacturing, biomaterials, bio-inks, 3D printing, regenerative medicine

Observation : 

(opens September 2021)

10 CM

8TD

Semestre 1

Positionnement : M2M1 SdM ICSCT FdP

M2M1 : UE proposée au SFRI pouvant être prise indépendamment en 1^er ou 2^ieme  année de Master sans pré requis de M1

Crédits : 2 ECTS

Responsable : Laurence Guglielmi

Programme :

Support en anglais

Antibodies are now one of the most efficient approach to fight cancer. The highy specific recognition properties, the potential the inhibitory effect of the antibody for its target and the subsequent recruitement of immune system, give to immunotherapies outstanding successes in treating diseases compared to small molecule drugs.

In this context the engineering of antibodies is a path to go event further an alleviate such large biomolecules limitations. AB can be modified thanks to a range of bioorthogonal chemical reactions to get ADC (antibody drug conjugates) or conjugates with polymers or probes to improve their stability or to give them imaging properties for theranostic applications. Alternatives to classical IgG will be also presented such as chimeras, nanobodies, and on going research on aptamers and artificial antibodies such molecularly imprinted polymers.

Observation : 

(opens September 2021)

18 CM

Semestre 1

Positionnement : M2M1 SdM ICSCT FdP

M2M1 : UE proposée au SFRI pouvant être prise indépendamment en 1^er ou 2^ieme  année de Master sans pré requis de M1

Crédits : 2 ECTS

Responsable :carine.masquefa@umontpellier.fr

Programme :

Support en anglais

To enhance efficiency and minimize side effects, tailoring the selectivity and specificy of an active molecule for its target is of uttermost importance.

In an ideal word, to avoid adverse effects, a drug should be able to circulate in the blood stream without interacting off target, reaching the right place at the right time with the right concentration. It should be able to target a given tissue, a chosen cell type and ultimately reach the precise cell compartment, to exert its effect. Besides state of the art structure optimization to enhace selectivity, different strategies can be deployed to achieve this goal including activable pro-drugs, conjugaison or encapsulation with carriers, addition of adressing moieties and cell-tergetting or cell penetrating elements. Original triggerable release systems (pH, enzymes,…) can be implemented to ensure the drug delivery with a temporal an spatial control.

Besides, and in particular for the treatment of specific cancers, the selection of a relevant molecular target responsible fo the disease, is a key to imrove treatment and milit side effects for a selected group of patient.

Key words : Molecualr target, Prodrugs, cellular uptake, drug selectivity, adverse effects, vectors, cell-penetrating and cell targeting moeities

Objectives :

Based on literature analysis, identifying relevant target in diseases.

Starting from a defined biological target, be able to set up strategies (i) to design a selective drug (ii) to adress the drug to this target to minimize adverse effects.

Observation : 

(opens September 2021)

18 CM

Semestre 1

Positionnement : M2M1 SdM ICSCT FdP

M2M1 : UE proposée au SFRI pouvant être prise indépendamment en 1^er ou 2^ieme  année de Master sans pré requis de M1

Crédits : 2 ECTS

Responsable : Alain Chavanieu

Programme :

Support en anglais

Chemoinformatics:

• Representation and research of structures and substructures.
• Similarity search (2D / 3D), clustering and diversity analysis.
• Search chemical molecules, patent databases or chemical reactions.

Molecular modeling:

• Predictions / calculations, tertiary structures of molecules, homology modeling.
• Molecular mechanics, molecular interactions, docking, conformational analysis.
• Qasr 3D, ADMET.
• Modelisation as a tool for the design of active compounds.

Observation : 

(opens September 2021)

12 CM

6TD

Semestre 1

Positionnement : M2M1 SdM ICSCT FdP

M2M1 : UE proposée au SFRI pouvant être prise indépendamment en 1^er ou 2^ieme  année de Master sans pré requis de M1

Crédits : 2 ECTS

Responsable :gilles.subra@umontpellier.fr

Programme :

Support en anglais

Besides their central role in all physiopathological proesses, peptides represent an ever growing class of therapeutic molecules, combining some of the best features of large biologics such as proteins, and small organic molecules. Far beyond the fallen dogma that a peptide is not stable enough in vivo to become a drug, this teaching will explore the full potential of synthetic bioactive peptides as drugs, targeting elements, probes to explore biological systems through examples of marketed and still under development drugs.

The strategies to design them from scratch or to isolate them from natural sources as well as the subsequent methods of stabilization and ADME optimization will be disclosed. Cyclic, dimers, backbone modified peptides, pseudopeptides and peptidomimetics will be explored.

Key words : Peptides drugs, Peptidomimetics, synthesis, pseudopeptides, peptide delivery, conjugates

Objectives : Be able to design and synthesize and optimize series of peptides and analogues, to be used in research projects at the interface of biology and chemistry.

Observation : 

(opens September 2021)

12 CM

6 TP

Semestre 1

Positionnement : M2M1 SdM ICSCT FdP

M2M1 : UE proposée au SFRI pouvant être prise indépendamment en 1^er ou 2^ieme  année de Master sans pré requis de M1

Crédits : 2 ECTS

Responsable : nicolas.masurier@umontpellier.fr

Programme :

Support en anglais

The course will focus on the driving strategies to design bioactive molecules and drugs in a rationale way. Modern approaches to design enzyme inhibitors, receptor ligands and protein-protein interaction inhibitors will be illustrated by state of the art examples.

Observation : 

(opens September 2021)

18 CM

Semestre 1

Positionnement : M1 Master Chimie ENSCM3aCOF/ M2 SdM ICSCT

Crédits : 2 ECTS

Responsable : Michael Smietana

Programme :

Support en anglais

The course will focus on organic chemistry and post-functionalization of biomolecules applied to peptides, proteins and nucleic acids (DNA and RNA) with applications in gene therapy, biosensing and design of probes for biological studies.

Mots-clés :

Chemical biology tools and reactions, proteins engineering, extended genetic code, DNA-encoded library

Objectifs :

The teaching is meant to be inclusive and will have as main objective to understand the molecular basis of cascades that allow to go from the gene to the protein and to hack and use these reactions for applications in life sciences.

Observation : 

15 CM

5 TD

Semestre 1

Positionnement : M2 Master Chimie Matériaux FdS

Crédits : 2 ECTS

Responsable :joulia.larionova@umontpellier.fr

Programme :

Cette unité d’enseignement est dédiée à la présentation des matériaux et nanomatériaux destinés à une utilisation dans le domaine biomédical (imagerie, thérapie, implants, etc.). Il s’agit de donner une image représentative des problématiques de la santé où les matériaux et nanomatériaux jouent un rôle indispensable dans le diagnostic, la thérapie, et le bien-être. Les stratégies de développement des matériaux et nanomatériaux du futur seront également abordées.

Les prérequis pour l’élaboration de matériaux pour la santé et leurs comportement/interaction avec un organisme vivant seront explicités. Des exemples de matériaux et nanomatériaux inorganiques (nanoparticules inorganiques, divers matériaux pour les implants…), organiques (polymères, liposomes, etc.) et d’origine biologique utilisés en tant qu’agents de contraste pour divers types d’imagerie, en tant qu’agents thérapeutiques, ou en tant qu’implants seront présentés.

L’UE comporte des enseignements dispensés en cours magistraux et en travaux dirigés.

Observation : 

15 CM

5 TD

S1 Septembre-mi novembre

Positionnement : M1 Master Chimie Tronc commun FdS

Crédits : 2 ECTS

Responsable : benjamin.nottelet@umontpellier.fr, olivia.giani@umontpellier.fr

Programme :

Connaissance des grandes familles de polymères utilisés dans le domaine biomédical.

1) Spécificité des polymères pour applications biomédicales et grandes familles de polymères utilisés

2) Description des familles d’applications

3) Discussion sur la notion de synthèse et relation structure/propriétés/cahier des charges

Mots-clés : Polymères synthétiques, polymères naturels, santé

Objectifs* :

Être capable de d’identifier les critères de sélection d’un polymère en fonction de l’application en santé visée.

Connaître les grandes familles de polymères utilisés dans le domaine de la santé.

Observation :

15 CM

5 TD

S1 Septembre-mi novembre

PRENDRE CONTACT AVEC LE TUTEUR/LA TUTRICE DE STAGE

Après avoir repéré un stage qui vous intéresse parmi les offres de stage proposées dans l’espace membre du DC Médecine-Science, merci de prendre contact avec le tuteur/la tutrice pour un premier échange. Si vous trouver un accord, merci de convenir des dates exactes du stage.

ÉTABLIR LA CONVENTION DE STAGE :

Remplir le document word modèle de la convention de stage Master 1 (à télécharger dans votre espace membre) avec vos coordonnées ainsi que grâce aux informations sur la fiche de l’offre de stage (sujet, activités…).

• Pour la partie « 2 – organisme d’accueil » (en haut à droite sur la première page de la convention) :

Cette partie fait référence à l’organisme qui prend en charge la gratification du stage (UM, CNRS …). Le laboratoire d’accueil est à indiquer dans « service dans lequel le stage sera effectué » et « lieu de stage ».

L’organisme d’accueil peut être l’UM, le CNRS, l’inserm ou un autre organisme.

Pour l’UM il faudrait mettre :

Université de Montpellier

163, rue Auguste Broussonne,t 34090 Montpellier

Représenté par (nom du signataire de la convention) : M. Jean-Patrick RESPAUT

Qualité du représentant : Vice-Président chargé de la formation et de la vie étudiante

Pour le CNRS il faudrait mettre :

CNRS, 1919 route de Mende, 34392 MONTPELLIER

Représenté par nom du signataire de la convention) : M. Jérôme VITRE

Qualité du représentant : Délégué régional

Pour l’inserm il faudrait mettre :

INSERM

101 rue de Tolbiac, 75654 Paris cedex 13

Représenté par nom du signataire de la convention) : Mr CAVAILLE Jacques

Qualité du représentant : Délégué Régional

Pour toute autre organisme, merci de contacter votre tuteur de stage du laboratoire afin de recevoir les informations à mettre sur la convention.

CIRCUIT DE SIGNATURES

1. Imprimez la convention de stage, signez-la et faites la signer par votre tuteur/tutrice de stage du laboratoire d’accueil.
2. Envoyez la convention de stage avec les deux signatures à Fatima El Bechari fatima.el-bechari@umontpellier.fr qui fera signer la convention de stage par l’enseignant référent et par M. le Doyen de la faculté concernée.
3. Fatima El Bechari vous renvoie la convention avec les quatre signatures.
4. Envoyez ensuite la convention de stage avec les quatre signatures à votre laboratoire d’accueil. Envoyez en même temps des scans des documents suivants :
   1. Pièce d’identité
   2. Titre de séjour le cas échéant
   3. Carte étudiante
   4. Carte de sécurité sociale ou attestation
   5. Attestation de responsabilité civile valide pour le stage
   6. RIB
5. Le laboratoire d’accueil s’occupe de la signature par l’organisme d’accueil (UM, CNRS, inserm ou autre).
6. Le laboratoire d’accueil vous renvoie un exemplaire de la convention de stage signée par toutes les parties.

Positionnement : Master 1 – Semestre 1

Crédits : 2.5 ECTS

Responsable : csilla.gergely@umontpellier.fr

Programme : 

• Interactions des atomes aux molécules, association des colloïdes: molécules amphiphiles, micelles, liposomes, bicouches lipidiques.
• Polymères biologiques : Peptides, acides aminés, acides nucléiques.
• Protéines : Structure primaire, secondaire, tertiaire, transitions conformationelle, auto-assemblage de protéines.
• Exemple : protéines globulaire, fibrillaires, enzymes, protéines sans structure, hémoglobine.
• Solutions de biomolécules.
• Théorie Debye-Huckel et forces mesoscopiques entre les molécules en solution.
• Bioénergétique.
• Membranes biologiques : Transport par diffusion, transport active.
• Transport membranaire.
• Potentiel membranaire, potentiel d’action, transmission synaptique.
• Mobilité des protéines et lipides membranaires.

Ecoulement des fluides biologiques.

Positionnement : Master 1 – Semestre 2

Crédits : 5 ECTS

Responsable : csilla.gergely@umontpellier.fr

Programme : 

1. Sources de RI en milieu médical – Lore Santoro
   • Radiothérapie externe ; Radiothérapie interne ; Imagerie médicale (X, SPECT,CT, TEP)
   • Curiethérapie ; Radiologie interventionnelle
2. Effets biologiques : JP Pouget
   • Base de la Radiobiologie : effets cellulaires; Effets tissulaires (déterministes ; aléatoires), précoces et tardifs
   • Radiobiologie des radionucléides en sources non scellées
   • ALARA et bases de la radioprotection ; Introudction à la dosimétrie
3. Concepts dosimétriques : Marilyne Le Roy /Nicolas Chouin /M Bardiès / Bérengère Piron)
   • Grandeurs dosimétriques externes : kerma/dose absorbée/équilibre électronique : Champ de rayonnement (fluence de particule, fluence énergétique, Energie absorbée, transférée, diffusée, Kerma, dose absorbée, parcours des électrons, débit de dose absorbée, équivalent de dose, débit d’équivalent de dose, équivalent de dose engagée, dose efficace
   • Dosimétrie interne :  Modèles biocinétiques (incorporation, contamination systémique, rétention excrétion, modèles à compartiments, période biologique, modèles à compartiments
   • Modèles de la CIPR (poumon, cutanés, etc.) (Nicolas Chouin/ Manuel Bardiès)
   • Formalisme du MIRD
     • Algorithmes de calculs de dose : Méthodes analytiques ; Dose point kernel ; Codes de calcul Monte carlo
     • Quantification : Modèle clinique des SIR sphères (Marilyne Le Roy) Modèles Préclinique
4. Détection et dosimétrie des rayonnements ionisants : Jean-Luc Bordy CEA- Saclay
   • Normes et documents de référence (ICRP, ICRU) ; Nomenclature des essais (qualification, type, série etc.)
   • Grandeurs Physiques utilisées (Kerma dans l’air, dose absorbée) ; Dosimètres et dosimètres absolus
   • Caractérisation des faisceaux gammas (Chambre à paroi d’air, à cavité, calorimètre, dosimètre chimique)
   • Caractérisation des faisceaux bétas (chambre à extrapolation)
   • Caractérisation des faisceaux alphas ; Caractérisation des faisceaux ions lourds
   • Types et caractéristiques des détecteurs de rayonnements ionisants (chambre d’ionisation, détecteurs solides (TLD, RPL), photographique, Geiger Muller, semi-conducteurs, scintillateurs organiques)
   • Elaboration de la mesure; Tests effectués (bruit de fond, limite de détection, répétabilité, reproductibilité, étalonnage, isotropie incertitudes etc.)
   • Dosimétrie individuelle ; Dosimétrie d’ambiance ; Grandeurs opérationnelles
5. Règlementation/Droit et radioprotection (F Petitot)
   • Surveillance individuelle (expo professionnelle) ; Arrêtés et décrets travailleurs/public/zonage
   • ALARA : Rôle de la PCR en milieu médical/recherche

Positionnement : Master 1 – Semestre 2

Crédits : 5 ECTS

Responsable :  thierry.cloitre@umontpellier.fr

Programme : 

• Les différents types de rayonnements : Ondes électromagnétiques, acoustiques, de matière.
• Relations de dispersion, transport d’énergie, interférences.
• Equations d’onde.
• Propagation des ondes planes et sphériques, fonction de Green. I
• Interfaces : conditions de continuité, réflexion, transmission, lame à faces parallèle, milieux stratifiés.
• Ondes de surfaces. Diffraction : approximations de Fresnel et de Fraunhoffer, champ proche, champ lointain.
• Diffusions élastiques et inélastiques. Cohérence spatiale et temporelle.
• Propagation en milieu hétérogène : Types d’hétérogénéité des milieux.
• Diffusions simples et multiples.
• Approximations de diffusion et de transfert radiatif.
• Acoustique des milieux simples et complexes.

Effets de la viscoelasticité sur les ultrasons. Application au domaine biomédical.

Vous aurez durant votre cursus, l’obligation d’éffectuer cette UE :

Positionnement : Master 1 – Semestre 1

Crédits : 5 ECTS

Responsable :  emmanuel.le-clezio@umontpellier.fr

Objectifs : 

Fournir aux étudiants provenant de différentes formations une base commune en Mathématiques leur permettant, dans la suite du Master d’appréhender les notions vues dans les UE scientifiques.

Programme :

• Nombres complexes : 8h CM
  • Ensemble des nombres complexes, représentation graphique et géométrique, opérations sur les nombres complexes, valeur absolue, forme polaire, formule de Moivre, racines d’un nombre complexe, formule d’Euler, fonctions élémentaires d’une nombre complexe.
• Algèbre linéaire : 8h CM
  • Matrices, produit de matrices, déterminant, inverse de matrice, matrice de translation et de rotation, valeurs propres et vecteurs propres, systèmes matriciels, résolution de systèmes linéaires.
• Analyse : 8h CM
  • Suite, convergence, fonctions continues, intégration de fonctions continues, résolution d’équations différentielles, équations différentielles linéaires, quelques applications à la modélisation mathématique.
• Compétence acquise :
  • Compétences niveau DEUG Mathématique-Physique en Mathématiques.

Positionnement : Master 1 – Semestre 1

Crédits : 5 ECTS

Responsable :  gilles.despaux@umontpellier.fr

Programme : 

Le fil conducteur de ce cours est le message, sa génération, sa transmission, sa réception (détection) et son traitement..

• Message analogique : La notion de message informatif
  • Propriétés d’un signal analogique
  • Fluctuations temporelles
  • Espace des fréquences associé (transformée de Fourier, transformée de Laplace)
  • Fonction de transfert d’un système
  • Signal et bruit
• Traitement d’un message :
  • Amplificateur
  • Filtres : passe-haut, passe-bas, passe-bande
  • Comparateur
  • Multiplicateur
  • Oscillateur
  • Modulateur – éléments de transmission
• Message numérique : Passage d’un message analogique à un message numérique
  • Echantillonnage : règles à respecter (théorème de Shannon)
  • Quantification
  • Exemple de convertisseurs analogique/numérique
  • Passage d’un message numérique à un message analogique
  • Reconstitution d’un message
  • Notion de filtrage numérique
  • Notion de modulation numérique
  • Prise en main du logiciel de programmation graphique LabVIEW avec un point de vue particulier sur l’interfaçage et la commande d’instruments de mesure

Compétence acquise :

Etre capable de maîtriser les notion de signal et de message, Etre capable de se repérer dans les espaces des temps et des fréquences,

Etre capable de maîtriser les bases du traitement du signal, Appréhender la conversion analogique/numérique et réciproquement, Appréhender la programmation : élaboration d’algorithmes, gestion de mini-projet,

Appréhender l’interfaçage de capteurs/actionneurs via Labview.a

Travaux Pratiques :

Echantillonnage/Reconstitution

Conversion analogique/numérique

projet LabVIEW

Positionnement : Master 1 – Semestre 2

Crédits : 5 ECTS

Responsable :  salih.abdelaziz@lirmm.fr

Objectifs : 

L’objectif de ce cours est de donner aux étudiants des notions de base sur la robotique médicale.

Programme : 

• Introduction à la robotique médicale – état de l’art
• Conception de robots chirurgicaux – Sureté de fonctionnement
• Génération et commande de mouvement
• Commande en effort en robotique médico-chirurgical

Dans ce cours, des travaux pratiques sous Matlab sont prévus pour mieux appréhender les notions du cours.

Positionnement : Master 1 – Semestre 2

Crédits : 5 ECTS

Responsable : emmanuel.le-clezio@umontpellier.fr

Objectifs : 

Fournir aux étudiants les notions essentielles relatives au choix de capteurs. Les applications et analyses physiques du comportement des capteurs sont illustrés à travers des exemples issus de l’imagerie ultrasonore médicale.

Programme : 

1 – Introduction aux capteurs

• Définitions,
• Principes fondamentaux des capteurs,
• Métrologie.

Imagerie ultrasonore médicale

• Ondes ultrasonores,
• Les différents types de scan et montages associés,
• Echographie Doppler.

Compétence acquise :

Notion de mesurande, grandeurs d’influence, conditionnement d’un capteur, application à l’imagerie ultrasonore dans le domaine médical.

Imagerie et Robotique : crédit de 5 ECTS

Imagerie

Positionnement : Master 1 – Semestre 2

Responsable : olivier.strauss@umontpellier.fr

Objectifs : 

Fournir aux étudiants, à travers un couple d’UE « Robotique » et « Imagerie », les bases scientifiques permettant d’aborder les notions de Robotique Médicale.

Programme : 

1. Histoire de la photo et de l’imagerie médicale. Technologie d’acquisition et d’enregistrements des images. Images photographiques, images échographiques, images microscopiques, images thermiques, images reconstruites (tomographie, IRM). Images numériques codage et représentation.
2. Echantillonnage et quantification. Séquences temporelles d’images. Histogrammes et binarisation des images. Morphologie, opérateurs de base érosion/dilatation.
3. Filtrage des images à niveaux de gris, principe et masques de convolution.
4. Transformation de Hough.
5. Transformée de Fourier sur les images.
6. Transformations géométriques sur les images.
7. Corrélations et méthodes apparentées à la corrélation.
8. Segmentation des images en régions (séparation-fusion, ligne de partage des eaux, croissance de région).

Robotique

Positionnement : Master 1 – Semestre 2

Responsable : salih.abdelaziz@lirmm.fr

Objectifs : 

L’objectif de ce cours est de donner aux étudiants des notions de base sur la modélisation des robots industrielles de type série.

Programme : 

• Introduction à la robotique
• Transformations entre repères et mouvements rigides
• Modélisation géométrique direct/inverse
• Modélisation cinématique direct/inverse

Compétence acquise :

• représenter et calculer les transformations entre repères dans l’espace
• calculer la position/orientation et vitesse de l’outil d’un robot à plusieurs axes en se basant sur la convention de Denavit-Hartenberg modifiée

Positionnement : Master 1 – Semestre 2

Crédits : 5 ECTS

Responsable : francois.bonnetblanc@inria.fr

Objectifs : 

Cette UE permet d’introduire les différentes concepts relatifs à la conception d’une neuroprothèse : du recueil des signaux physiologiques jusqu’à la commande motrice synthétique par stimulation électrique en passant par les aspects réglementaires et éthiques. Elle fait le point sur les différents types de neuroprothèses et leurs limites.

Compétence acquise :

• Savoir décrire une Neuroprothèse et les différentes étapes du traitement de l’information et du signal qui la compose.
• Identifer les contraintes et difficultés principales à chaque étape

Positionnement : UE du socle commun du Master Biologie Santé, M1

Crédits : 5 ECTS

Responsable : Marie-Alix Poul, Laurence Guglielmi, Marie-alix.poul-pearson@umontpellier.fr, Laurence.guglielmi@umontpellier.fr

Intervenants :

Pierre Corbeau, PU-PH, UFR Médecine
Laurence Guglielmi, MCU, UFR Médecine
Franck Mennechet, MCU, IGMM, UFR Sciences
Marie-Alix Poul, PR, UFR Sciences
Thierry Vincent, PU-PH UFR médecine
Virginie Lafont, CR, IRCM
Mar Naranjo-Gomez, CR, IRMB
Maï N’Guyen, CR, DIMNP
Pascale Plence, CR, IRMB
Cédric Raoul, DR, INM
François Rassendren, DR, IGF
Valérie Zimmermann, CR, IGMM

Objectifs : 

Cette UE vise à approfondir des aspects d’immunologie fondamentalequi ont permis des avancées majeures récentes dans la connaissance des mécanismes de la réponse immunitaire physiologique avec mise en perspective des opportunités thérapeutiques offertes dans diverses pathologies. Un accent est mis sur la démarche scientifique associée à ces avancées.

Description :

L’enseignement est réalisé par des enseignants-chercheurs des UFR de médecine, sciences et pharmacie et des chercheurs des EPST. Le contenu de cette UE n’a pas vocation à être exhaustif et sera amené à évoluer en fonction des avancées scientifiques.

Sujets abordés :   

• Vaccination, initiation des réponses immunitaires spécifiques, mémoire
• Tolérance immunitaire
• Vieillissement du système immunitaire
• Rôle du métabolisme dans la réponse immunitaire
• Microbiote et régulation des réponses immunitaires
• Interactions système immunitaire – système nerveux
• Immunothérapie, anticorps thérapeutiques

Format :

22 h CM ; 12 h TD ; 8 h terrain 7 blocs thématiques de cours/TD comprenant une présentation de synthèse par l’enseignant et la présentation d’un ou deux articles scientifiques par les étudiants. La restitution des articles scientifiques se fait après préparation tutorée. Sur certains sujets, préparation tutorée de cours et présentation par les étudiants à la classe entière.

Travail pratique sur un mini-projet de recherche : conception des expériences, réalisation, analyse et présentation.

Prérequis :

• Bases en immunologie (proposition de documents pédagogiques pour
• les étudiants souhaitant se remettre à niveau)

Modalités de contrôle des connaissances :

1ère session : Ecrit 70% CC30%

2ème session : Ecrit 100%

Positionnement : Master 1 – Semestre 1

Crédits : 5 ECTS

Responsable : François Boutin francois.boutin@umontpellier.fr

Intervenants :  Pr Paul Mangeat, Dr Michel Vidal, Dr Anne-Marie Martinez, Stephen Baghdiguan.

Objectifs : 

Savoir choisir le bon outil statistique et interpréter les résultats est une compétence indispensable pour le biologiste qui souhaite traiter ses propres données et comprendre la littérature scientifique.

L’objectif de ce cours est d’explorer les principales méthodes et techniques de biostatistique, à travers des exemples concrets, en utilisant le logiciel R, couteau suisse en statistiques et analyse de données.

Compétences visées avec R :

• Savoir manipuler et synthétiser des tableaux de données
• Savoir appliquer et interpréter des tests statistiques adaptés

Savoir construire et évaluer un modèle statistique explicatif

Description :

Pour répondre à ces objectifs, cet enseignement de biostatistique avec R couvre trois domaines :

• Statistique descriptive : utilisation d’indicateurs synthétiques et représentations graphiques
• Statistique inférentielle : étude de tests statistiques (comparaison de moyennes, pourcentages…)

Modélisation statistique : construction et évaluation d’un modèle explicatif multifactoriel

Observation :

Aucune compétence initiale n’est demandée en statistique. Cet enseignement sera dépouillé de tout formalisme mathématique car il s’adresse à des utilisateurs biologistes et non des mathématiciens.

Modalités de contrôle des connaissances :

1ère session :

• Ecrit : 50%
• oral : non
• Rapport : Non
• CC : 50%

2ème session : écrit

Positionnement : Master 1 – Semestre 1

Crédits : 5 ECTS

Responsable : Rachel Cerdan (UM FDS) rachel.cerdan@umontpellier.fr Cherine Bechara (UM FDS) cherine.bechara@umontpellier.fr

Intervenants :  Rachel Cerdan (UM FDS), Cherine Bechara (UM FDS), Stefano Trapani (UM FDS), Christian Roumestand (UM FDP)

Objectifs : 

• Appronfondir les connaissances en biologies structurale des biomolécules
• Acquérir les notions d’interaction, de spécificité, de repliement.
• Maîtriser les outils informatiques pour l’analyse des structures 3D
• Interpréter des données bibliographiques de biologie structurale

Description :

Connaissances approfondies en Biologie structurale des biomolécules et des outils pour l’étude des structures tridimentionnelles.

Le programme couvre l’étude des structures des différents types de macromolécules biologiques : protéïnes (repliées, intrinsèquement repliées, solubles ou membranaires). acides nucléiques et des interactions protéïnes-protéïnes, protéïnes-acides nucléiques et protéïnes lipides. les Repliement des protéines et des phénomènes qu’il met en oeuvre sont également traités. A l’issue de cet enseignement, l’étudiant doit être capable d’interpréter et d’analyser toutes les données structurales sur les biomolécules et d’en visualiser les principales interactions à l’aide de logiciels de visualisation 3D.

Observation :
Cette UE exige que les étudiants aient acquis :

• Un niveau licence en biologie
• Des notions de base en Biologie Moléculaire
• Des notions de base en Biologie Cellulaire
• Des notions de base en Physiologie Animale et Végétale
• Des notions de base en Chimie

Modalités de contrôle des connaissances :

Enseignement en anglais (21H CM, 21H TD)

1ère session :

• Ecrit 2h : 80%
• oral : non
• Rapport : Non
• CC : oui 20%

2ème session : même modalités

Positionnement : Master 1 – Semestre 1

Crédits : 5 ECTS

Responsable : Vincent Coulon

Intervenants :  Pr Jamal Tazi, Dr Vincent Coulon, Dr Giacomo Cavalli, Dr Bernard De Massy, Pr Pierre Corbeau, Dr Marie-Laure Parmentier, Dr Laurent Lecam, Pr Joel Bockaert, Dr Carine Becamel

Objectifs :

L’UE de Génomique fonctionnelle a pour objectif de donner aux étudiants :

• Des connaissances de la Génomique fonctionnelle de la cellule eucaryote normale et pathologique
• Approfondir les bases moléculaires des grands mécanismes de génomique fonctionnelle : réplication, réparation, méiose, transcription, maturation des ARN et traduction. Rôle des ARN non codants
• Apprendre les techniques de transgénèse et leur application
• Acquérir les méthodes d’analyses en génomique, transcriptomique et protéomique

Description :

Organisation fonctionnelle des génomes eucaryotes

• Régulation épigénétique des états d’expression génique chez les eucaryiotes:
• Structure de la chromatine
• Organisation du génome pour sa reproduction : Constance du génome humain (réplication)
• Réparation de l’ADN son implication dans le contrôle de la transcription et la réplication
• Les chromosomes en méiose : un ménage à quatre

Manipulation des génomes

• Organismes Transgéniques : Etude fonctionnelle des gènes et modèles de maladies génétiques
• Les virus : pathogènes et outils thérapeutiques
• Acides nucléiques dans une approche thérapeutique: Anti-sens, ribosyme et A ARN interférence

Régulations transcriptionnelles et post-transcriptionnelles

• Les bases moléculaires de l’expression génique
• Régulations post-transcriptionnelles : Des transcrits bruts aux transcrits murs
• Régulation de la stabilité et la traduction des ARNm chez les eucaryotes.

Modalités de contrôle des connaissances :

1ère session :

Ecrit : 70%

Oral non

Rapport Non

CC 30%

2ème session : ecrit

Observation : 

Cette UE exige que les étudiants aient acquis

• Un niveau licence en biologie
• Des notions de base en Biologie Moléculaire
• Des notions de base en Biologie Cellulaire
• Des notions de base en Physiologie Animale et Végétale
• Des notions de base en Chimie

N° UE : HMBS107 (semestre 1) HMBS221 (semestre 2)

Positionnement : Master 1 – Semestre 1

Crédits : 5 ECTS

Responsable : Michel Vignes

Intervenants :  Pr Paul Mangeat, Dr Michel Vidal, Dr Anne-Marie Martinez, Stephen Baghdiguan.

Objectifs :  L’UE de Biologie Cellulaire a pour objectif de donner aux étudiants :

• Des connaissances de la Biologie Cellulaire de la cellule eucaryote normale et pathologique
• Approfondir les connaissances acquises en licence, en particulier en terme de régulation des mécanismes conduisant au contrôle du déterminisme cellulaire

Objectif :

L’UE aborde les principales voies de communications entre les cellules normales et les voies de transduction intracellulaires. Cette UE est destinée aux étudiants de tous les parcours du Master BS, même si elle est recommandée aux étudiants des parcours Neurosciences et Médecine Expérimentale et régénératrice, issus d’une L3 spécialisée en Physiologie Animale et Neurosciences.

Ainsi les thématiques de la neurotransmission et de la communication endocrinienne seront utilisées comme modèles d’étude. Les principales voies intracellulaires activées par les récepteurs membranaires seront abordées (voies des MAPkinases, PI3kinase, etc…). Une part importante du cours portera sur le signal calcique et l’homeostasie du calcium. Trois modèles de communication cellulaire ’intégrée’ seront abordés : le système endocannabinoïde, les voies de transduction de la cellule beta-pancréatique et la communication au travers de la barrière hémato-encéphalique.

Points spécifiques abordés :

1. Rappels de pharmacologie et diversité des voies intracellulaires
2. Signaux activés par les récepteurs couplés aux protéines G (RCPGs): structure des récepteurs, protéines associées aux RCPGs
3. Le signal calcique
4. Les voies de résistance au stress oxydant
5. Exemples d’intégration des signaux : la cellule beta-pancréatique, la cellule musculaire lisse, les cellules immunitaires, les neurones centraux et périphériques, etc…
6. Le système endo-cannabinoïde
7. La cellule beta-pancréatique
8. La communication à travers la barrière hémato-encéphalique

Modalités de contrôle des connaissances :

Contrôle terminal 100% écrit

2ème session : écrit

Observation : 

Enseignement en présentiel :

CM : 28,5h, TD : 10,5h, TP

Pré-requis éventuels de l’UE :

Connaissances de bases en pharmacologie, neurosciences et physiologie animale.

Positionnement : Master 1 – Semestre 1

Crédits : 5 ECTS

Responsable :

• francois.fagotto@umontpellier.fr
• stephane.bodin@umontpellier.fr
• simon.descamps@umontpellier.fr

Intervenants : 

• Stéphane Bodin
• Ariane Abrieu
• Stephen Baghdiguian
• François Fagotto
• Catherine Panabières

Objectifs :  L’UE de Biologie Cellulaire a pour objectif de donner aux étudiants :

• Des connaissances de la Biologie Cellulaire de la cellule eucaryote normale et pathologique
• Approfondir les connaissances acquises en licence, en particulier en terme de régulation des mécanismes conduisant au contrôle du déterminisme cellulaire

Description :

• Cytosquelette et adhérence cellulaire
  • Régulation de la dynamique
  • Apport au déterminisme et au maintien de la polarité cellulaire
• Trafic Vésiculaire, exocytose, endocytose, trafic lipidique, transport
• nucléocytoplasmique
• Régulations du cycle cellulaire
  • Apport au contrôle du déterminisme cellulaire
• Régulation des différentes formes de mort cellulaire
  • Apport au contrôle du déterminisme cellulaire

Observation :
Cette UE exige que les étudiants aient acquis :

• Un niveau licence en biologie
• Des notions de base en Biologie Moléculaire
• Des notions de base en Biologie Cellulaire
• Des notions de base en Physiologie Animale et Végétale
• Des notions de base en Chimie

Modalités de contrôle des connaissances :

1ère session :

• Ecrit : 100%
• oral : non
• Rapport : Non
• CC : Non

2ème session : écrit