Thématique : Biophysique/Microscopie
Tuteur de la séance : Pierre Emmanuel MILHET
Etudiants : Yvan Rourre and El-Farid Ousseen
Article présenté: “Nuclear Deformation Causes DNA Damage by Increasing Replication Stress“, Current Biology 31, 753–765, February 22, 2021
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Positionnement : M2M1 SdM ICSCT FdP
M2M1 : UE proposée au SFRI pouvant être prise indépendamment en 1er ou 2ieme année de Master sans pré requis de M1
Crédits : 2 ECTS
Responsable : nicolas.masurier@umontpellier.fr
Programme :
Support en anglais
The course will focus on the driving strategies to design bioactive molecules and drugs in a rationale way. Modern approaches to design enzyme inhibitors, receptor ligands and protein-protein interaction inhibitors will be illustrated by state of the art examples.
Observation :
(opens September 2021)
18 CM
Semestre 1
Positionnement : M2M1 SdM ICSCT FdP
M2M1 : UE proposée au SFRI pouvant être prise indépendamment en 1er ou 2ieme année de Master sans pré requis de M1
Crédits : 2 ECTS
Responsable :gilles.subra@umontpellier.fr
Programme :
Support en anglais
Besides their central role in all physiopathological proesses, peptides represent an ever growing class of therapeutic molecules, combining some of the best features of large biologics such as proteins, and small organic molecules. Far beyond the fallen dogma that a peptide is not stable enough in vivo to become a drug, this teaching will explore the full potential of synthetic bioactive peptides as drugs, targeting elements, probes to explore biological systems through examples of marketed and still under development drugs.
The strategies to design them from scratch or to isolate them from natural sources as well as the subsequent methods of stabilization and ADME optimization will be disclosed. Cyclic, dimers, backbone modified peptides, pseudopeptides and peptidomimetics will be explored.
Key words : Peptides drugs, Peptidomimetics, synthesis, pseudopeptides, peptide delivery, conjugates
Objectives : Be able to design and synthesize and optimize series of peptides and analogues, to be used in research projects at the interface of biology and chemistry.
Observation :
(opens September 2021)
12 CM
6 TP
Semestre 1
Positionnement : M2M1 SdM ICSCT FdP
M2M1 : UE proposée au SFRI pouvant être prise indépendamment en 1er ou 2ieme année de Master sans pré requis de M1
Crédits : 2 ECTS
Responsable : Alain Chavanieu
Programme :
Support en anglais
Chemoinformatics:
Molecular modeling:
Observation :
(opens September 2021)
12 CM
6TD
Semestre 1
Positionnement : M2M1 SdM ICSCT FdP
M2M1 : UE proposée au SFRI pouvant être prise indépendamment en 1er ou 2ieme année de Master sans pré requis de M1
Crédits : 2 ECTS
Responsable :carine.masquefa@umontpellier.fr
Programme :
Support en anglais
To enhance efficiency and minimize side effects, tailoring the selectivity and specificy of an active molecule for its target is of uttermost importance.
In an ideal word, to avoid adverse effects, a drug should be able to circulate in the blood stream without interacting off target, reaching the right place at the right time with the right concentration. It should be able to target a given tissue, a chosen cell type and ultimately reach the precise cell compartment, to exert its effect. Besides state of the art structure optimization to enhace selectivity, different strategies can be deployed to achieve this goal including activable pro-drugs, conjugaison or encapsulation with carriers, addition of adressing moieties and cell-tergetting or cell penetrating elements. Original triggerable release systems (pH, enzymes,…) can be implemented to ensure the drug delivery with a temporal an spatial control.
Besides, and in particular for the treatment of specific cancers, the selection of a relevant molecular target responsible fo the disease, is a key to imrove treatment and milit side effects for a selected group of patient.
Key words : Molecualr target, Prodrugs, cellular uptake, drug selectivity, adverse effects, vectors, cell-penetrating and cell targeting moeities
Objectives :
Based on literature analysis, identifying relevant target in diseases.
Starting from a defined biological target, be able to set up strategies (i) to design a selective drug (ii) to adress the drug to this target to minimize adverse effects.
Observation :
(opens September 2021)
18 CM
Semestre 1
Positionnement : M2M1 SdM ICSCT FdP
M2M1 : UE proposée au SFRI pouvant être prise indépendamment en 1er ou 2ieme année de Master sans pré requis de M1
Crédits : 2 ECTS
Responsable : Laurence Guglielmi
Programme :
Support en anglais
Antibodies are now one of the most efficient approach to fight cancer. The highy specific recognition properties, the potential the inhibitory effect of the antibody for its target and the subsequent recruitement of immune system, give to immunotherapies outstanding successes in treating diseases compared to small molecule drugs.
In this context the engineering of antibodies is a path to go event further an alleviate such large biomolecules limitations. AB can be modified thanks to a range of bioorthogonal chemical reactions to get ADC (antibody drug conjugates) or conjugates with polymers or probes to improve their stability or to give them imaging properties for theranostic applications. Alternatives to classical IgG will be also presented such as chimeras, nanobodies, and on going research on aptamers and artificial antibodies such molecularly imprinted polymers.
Observation :
(opens September 2021)
18 CM
Semestre 1
Positionnement : M2M1 SdM ICSCT FdP
M2M1 : UE proposée au SFRI pouvant être prise indépendamment en 1er ou 2ieme année de Master sans pré requis de M1
Crédits : 2 ECTS
Responsable : gilles.subra@umontpellier.fr
Programme :
Support en anglais
This introductionnary courses is devoted to the most advanced alternative solutions to conventional medicines in two different fields : Cell therapy and tissue engineering.
The first part is devoted to cell used as drugs , from its bascis understaing to the problem raised for its large scale production.
ATMP regulatory issues and cell therapy
Clinical trial methodology applied to ATMP
The second part of the course is focussed on tissue ingeneering and regenerative medicine, associated with 3D biofabrication.
Key words: Organoids, Cell therapy, ATMP, bio-manufacturing, biomaterials, bio-inks, 3D printing, regenerative medicine
Observation :
(opens September 2021)
10 CM
8TD
Semestre 1
Positionnement : M1 Master Chimie Tronc commun FdS
Crédits : 2 ECTS
Responsable : benjamin.nottelet@umontpellier.fr, olivia.giani@umontpellier.fr
Programme :
Connaissance des grandes familles de polymères utilisés dans le domaine biomédical.
1) Spécificité des polymères pour applications biomédicales et grandes familles de polymères utilisés
2) Description des familles d’applications
3) Discussion sur la notion de synthèse et relation structure/propriétés/cahier des charges
Mots-clés : Polymères synthétiques, polymères naturels, santé
Objectifs* :
Être capable de d’identifier les critères de sélection d’un polymère en fonction de l’application en santé visée.
Connaître les grandes familles de polymères utilisés dans le domaine de la santé.
Observation :
15 CM
5 TD
S1 Septembre-mi novembre
Positionnement : M2 Master Chimie Matériaux FdS
Crédits : 2 ECTS
Responsable :joulia.larionova@umontpellier.fr
Programme :
Cette unité d’enseignement est dédiée à la présentation des matériaux et nanomatériaux destinés à une utilisation dans le domaine biomédical (imagerie, thérapie, implants, etc.). Il s’agit de donner une image représentative des problématiques de la santé où les matériaux et nanomatériaux jouent un rôle indispensable dans le diagnostic, la thérapie, et le bien-être. Les stratégies de développement des matériaux et nanomatériaux du futur seront également abordées.
Les prérequis pour l’élaboration de matériaux pour la santé et leurs comportement/interaction avec un organisme vivant seront explicités. Des exemples de matériaux et nanomatériaux inorganiques (nanoparticules inorganiques, divers matériaux pour les implants…), organiques (polymères, liposomes, etc.) et d’origine biologique utilisés en tant qu’agents de contraste pour divers types d’imagerie, en tant qu’agents thérapeutiques, ou en tant qu’implants seront présentés.
L’UE comporte des enseignements dispensés en cours magistraux et en travaux dirigés.
Observation :
15 CM
5 TD
S1 Septembre-mi novembre
Positionnement : M1 Master Chimie ENSCM3aCOF/ M2 SdM ICSCT
Crédits : 2 ECTS
Responsable : Michael Smietana
Programme :
Support en anglais
The course will focus on organic chemistry and post-functionalization of biomolecules applied to peptides, proteins and nucleic acids (DNA and RNA) with applications in gene therapy, biosensing and design of probes for biological studies.
Mots-clés :
Chemical biology tools and reactions, proteins engineering, extended genetic code, DNA-encoded library
Objectifs :
The teaching is meant to be inclusive and will have as main objective to understand the molecular basis of cascades that allow to go from the gene to the protein and to hack and use these reactions for applications in life sciences.
Observation :
15 CM
5 TD
Semestre 1
N° UE : HMBS107 (semestre 1) HMBS221 (semestre 2)
Positionnement : Master 1 – Semestre 1
Crédits : 5 ECTS
Responsable : Michel Vignes
Intervenants : Pr Paul Mangeat, Dr Michel Vidal, Dr Anne-Marie Martinez, Stephen Baghdiguan.
Objectifs : L’UE de Biologie Cellulaire a pour objectif de donner aux étudiants :
Objectif :
L’UE aborde les principales voies de communications entre les cellules normales et les voies de transduction intracellulaires. Cette UE est destinée aux étudiants de tous les parcours du Master BS, même si elle est recommandée aux étudiants des parcours Neurosciences et Médecine Expérimentale et régénératrice, issus d’une L3 spécialisée en Physiologie Animale et Neurosciences.
Ainsi les thématiques de la neurotransmission et de la communication endocrinienne seront utilisées comme modèles d’étude. Les principales voies intracellulaires activées par les récepteurs membranaires seront abordées (voies des MAPkinases, PI3kinase, etc…). Une part importante du cours portera sur le signal calcique et l’homeostasie du calcium. Trois modèles de communication cellulaire ’intégrée’ seront abordés : le système endocannabinoïde, les voies de transduction de la cellule beta-pancréatique et la communication au travers de la barrière hémato-encéphalique.
Points spécifiques abordés :
Modalités de contrôle des connaissances :
Contrôle terminal 100% écrit
2ème session : écrit
Observation :
Enseignement en présentiel :
CM : 28,5h, TD : 10,5h, TP
Pré-requis éventuels de l’UE :
Connaissances de bases en pharmacologie, neurosciences et physiologie animale.
Après avoir repéré un stage qui vous intéresse parmi les offres de stage proposées dans l’espace membre du DC Médecine-Science, merci de prendre contact avec le tuteur/la tutrice pour un premier échange. Si vous trouver un accord, merci de convenir des dates exactes du stage.
Remplir le document word modèle de la convention de stage Master 1 (à télécharger dans votre espace membre) avec vos coordonnées ainsi que grâce aux informations sur la fiche de l’offre de stage (sujet, activités…).
Cette partie fait référence à l’organisme qui prend en charge la gratification du stage (UM, CNRS …). Le laboratoire d’accueil est à indiquer dans « service dans lequel le stage sera effectué » et « lieu de stage ».
L’organisme d’accueil peut être l’UM, le CNRS, l’inserm ou un autre organisme.
Pour l’UM il faudrait mettre :
Université de Montpellier
163, rue Auguste Broussonne,t 34090 Montpellier
Représenté par (nom du signataire de la convention) : M. Jean-Patrick RESPAUT
Qualité du représentant : Vice-Président chargé de la formation et de la vie étudiante
Pour le CNRS il faudrait mettre :
CNRS, 1919 route de Mende, 34392 MONTPELLIER
Représenté par nom du signataire de la convention) : M. Jérôme VITRE
Qualité du représentant : Délégué régional
Pour l’inserm il faudrait mettre :
INSERM
101 rue de Tolbiac, 75654 Paris cedex 13
Représenté par nom du signataire de la convention) : Mr CAVAILLE Jacques
Qualité du représentant : Délégué Régional
Pour toute autre organisme, merci de contacter votre tuteur de stage du laboratoire afin de recevoir les informations à mettre sur la convention.
Positionnement : Master 1 – Semestre 1
Crédits : 5 ECTS
Responsable : Vincent Coulon
Intervenants : Pr Jamal Tazi, Dr Vincent Coulon, Dr Giacomo Cavalli, Dr Bernard De Massy, Pr Pierre Corbeau, Dr Marie-Laure Parmentier, Dr Laurent Lecam, Pr Joel Bockaert, Dr Carine Becamel
Objectifs :
L’UE de Génomique fonctionnelle a pour objectif de donner aux étudiants :
Description :
Organisation fonctionnelle des génomes eucaryotes
Manipulation des génomes
Régulations transcriptionnelles et post-transcriptionnelles
Modalités de contrôle des connaissances :
1ère session :
Ecrit : 70%
Oral non
Rapport Non
CC 30%
2ème session : ecrit
Observation :
Cette UE exige que les étudiants aient acquis
Vous aurez durant votre cursus, l’obligation d’éffectuer cette UE :
Positionnement : Master 1 – Semestre 1
Crédits : 5 ECTS
Responsable : emmanuel.le-clezio@umontpellier.fr
Objectifs :
Fournir aux étudiants provenant de différentes formations une base commune en Mathématiques leur permettant, dans la suite du Master d’appréhender les notions vues dans les UE scientifiques.
Programme :
Imagerie et Robotique : crédit de 5 ECTS
Positionnement : Master 1 – Semestre 2
Responsable : olivier.strauss@umontpellier.fr
Objectifs :
Fournir aux étudiants, à travers un couple d’UE « Robotique » et « Imagerie », les bases scientifiques permettant d’aborder les notions de Robotique Médicale.
Programme :
Positionnement : Master 1 – Semestre 2
Responsable : salih.abdelaziz@lirmm.fr
Objectifs :
L’objectif de ce cours est de donner aux étudiants des notions de base sur la modélisation des robots industrielles de type série.
Programme :
Compétence acquise :
Positionnement : Master 1 – Semestre 1
Crédits : 5 ECTS
Responsable : gilles.despaux@umontpellier.fr
Programme :
Le fil conducteur de ce cours est le message, sa génération, sa transmission, sa réception (détection) et son traitement..
Compétence acquise :
Etre capable de maîtriser les notion de signal et de message, Etre capable de se repérer dans les espaces des temps et des fréquences,
Etre capable de maîtriser les bases du traitement du signal, Appréhender la conversion analogique/numérique et réciproquement, Appréhender la programmation : élaboration d’algorithmes, gestion de mini-projet,
Appréhender l’interfaçage de capteurs/actionneurs via Labview.a
Travaux Pratiques :
Echantillonnage/Reconstitution
Conversion analogique/numérique
projet LabVIEW
Positionnement : Master 1 – Semestre 1
Crédits : 2.5 ECTS
Responsable : csilla.gergely@umontpellier.fr
Programme :
Ecoulement des fluides biologiques.
Positionnement : Master 1 – Semestre 2
Crédits : 5 ECTS
Responsable : thierry.cloitre@umontpellier.fr
Programme :
Effets de la viscoelasticité sur les ultrasons. Application au domaine biomédical.
Positionnement : Master 1 – Semestre 2
Crédits : 5 ECTS
Responsable : csilla.gergely@umontpellier.fr
Programme :
Positionnement : Master 1 – Semestre 2
Crédits : 5 ECTS
Responsable : francois.bonnetblanc@inria.fr
Objectifs :
Cette UE permet d’introduire les différentes concepts relatifs à la conception d’une neuroprothèse : du recueil des signaux physiologiques jusqu’à la commande motrice synthétique par stimulation électrique en passant par les aspects réglementaires et éthiques. Elle fait le point sur les différents types de neuroprothèses et leurs limites.
Compétence acquise :
Positionnement : Master 1 – Semestre 2
Crédits : 5 ECTS
Responsable : salih.abdelaziz@lirmm.fr
Objectifs :
L’objectif de ce cours est de donner aux étudiants des notions de base sur la robotique médicale.
Programme :
Dans ce cours, des travaux pratiques sous Matlab sont prévus pour mieux appréhender les notions du cours.
Positionnement : Master 1 – Semestre 2
Crédits : 5 ECTS
Responsable : emmanuel.le-clezio@umontpellier.fr
Objectifs :
Fournir aux étudiants les notions essentielles relatives au choix de capteurs. Les applications et analyses physiques du comportement des capteurs sont illustrés à travers des exemples issus de l’imagerie ultrasonore médicale.
Programme :
1 – Introduction aux capteurs
Imagerie ultrasonore médicale
Compétence acquise :
Notion de mesurande, grandeurs d’influence, conditionnement d’un capteur, application à l’imagerie ultrasonore dans le domaine médical.
Positionnement : Master 1 – Semestre 1
Crédits : 5 ECTS
Responsable :
Intervenants :
Objectifs : L’UE de Biologie Cellulaire a pour objectif de donner aux étudiants :
Description :
Observation :
Cette UE exige que les étudiants aient acquis :
Modalités de contrôle des connaissances :
1ère session :
2ème session : écrit
Positionnement : UE du socle commun du Master Biologie Santé, M1
Crédits : 5 ECTS
Responsable : Marie-Alix Poul, Laurence Guglielmi, Marie-alix.poul-pearson@umontpellier.fr, Laurence.guglielmi@umontpellier.fr
Intervenants :
Pierre Corbeau, PU-PH, UFR Médecine
Laurence Guglielmi, MCU, UFR Médecine
Franck Mennechet, MCU, IGMM, UFR Sciences
Marie-Alix Poul, PR, UFR Sciences
Thierry Vincent, PU-PH UFR médecine
Virginie Lafont, CR, IRCM
Mar Naranjo-Gomez, CR, IRMB
Maï N’Guyen, CR, DIMNP
Pascale Plence, CR, IRMB
Cédric Raoul, DR, INM
François Rassendren, DR, IGF
Valérie Zimmermann, CR, IGMM
Objectifs :
Cette UE vise à approfondir des aspects d’immunologie fondamentalequi ont permis des avancées majeures récentes dans la connaissance des mécanismes de la réponse immunitaire physiologique avec mise en perspective des opportunités thérapeutiques offertes dans diverses pathologies. Un accent est mis sur la démarche scientifique associée à ces avancées.
Description :
L’enseignement est réalisé par des enseignants-chercheurs des UFR de médecine, sciences et pharmacie et des chercheurs des EPST. Le contenu de cette UE n’a pas vocation à être exhaustif et sera amené à évoluer en fonction des avancées scientifiques.
Sujets abordés :
Format :
22 h CM ; 12 h TD ; 8 h terrain 7 blocs thématiques de cours/TD comprenant une présentation de synthèse par l’enseignant et la présentation d’un ou deux articles scientifiques par les étudiants. La restitution des articles scientifiques se fait après préparation tutorée. Sur certains sujets, préparation tutorée de cours et présentation par les étudiants à la classe entière.
Travail pratique sur un mini-projet de recherche : conception des expériences, réalisation, analyse et présentation.
Prérequis :
Modalités de contrôle des connaissances :
1ère session : Ecrit 70% CC30%
2ème session : Ecrit 100%
Positionnement : Master 1 – Semestre 1
Crédits : 5 ECTS
Responsable : François Boutin francois.boutin@umontpellier.fr
Intervenants : Pr Paul Mangeat, Dr Michel Vidal, Dr Anne-Marie Martinez, Stephen Baghdiguan.
Objectifs :
Savoir choisir le bon outil statistique et interpréter les résultats est une compétence indispensable pour le biologiste qui souhaite traiter ses propres données et comprendre la littérature scientifique.
L’objectif de ce cours est d’explorer les principales méthodes et techniques de biostatistique, à travers des exemples concrets, en utilisant le logiciel R, couteau suisse en statistiques et analyse de données.
Compétences visées avec R :
Savoir construire et évaluer un modèle statistique explicatif
Description :
Pour répondre à ces objectifs, cet enseignement de biostatistique avec R couvre trois domaines :
Modélisation statistique : construction et évaluation d’un modèle explicatif multifactoriel
Observation :
Aucune compétence initiale n’est demandée en statistique. Cet enseignement sera dépouillé de tout formalisme mathématique car il s’adresse à des utilisateurs biologistes et non des mathématiciens.
Modalités de contrôle des connaissances :
1ère session :
2ème session : écrit
Positionnement : Master 1 – Semestre 1
Crédits : 5 ECTS
Responsable : Rachel Cerdan (UM FDS) rachel.cerdan@umontpellier.fr Cherine Bechara (UM FDS) cherine.bechara@umontpellier.fr
Intervenants : Rachel Cerdan (UM FDS), Cherine Bechara (UM FDS), Stefano Trapani (UM FDS), Christian Roumestand (UM FDP)
Objectifs :
Description :
Connaissances approfondies en Biologie structurale des biomolécules et des outils pour l’étude des structures tridimentionnelles.
Le programme couvre l’étude des structures des différents types de macromolécules biologiques : protéïnes (repliées, intrinsèquement repliées, solubles ou membranaires). acides nucléiques et des interactions protéïnes-protéïnes, protéïnes-acides nucléiques et protéïnes lipides. les Repliement des protéines et des phénomènes qu’il met en oeuvre sont également traités. A l’issue de cet enseignement, l’étudiant doit être capable d’interpréter et d’analyser toutes les données structurales sur les biomolécules et d’en visualiser les principales interactions à l’aide de logiciels de visualisation 3D.
Observation :
Cette UE exige que les étudiants aient acquis :
Modalités de contrôle des connaissances :
Enseignement en anglais (21H CM, 21H TD)
1ère session :
2ème session : même modalités
