Etude des transformations oncogéniques par microdélétions de bordures de domaines topologiques dans les leucémies aigües lymphoblastiques T
INSTITUT
Nom : IGMM – Equipe ‘Dynamique chromatinienne et hématopoïèse’ (https://www.igmm.cnrs.fr/team/hematopoiese-moleculaire/)
Adresse : 1919 route de mende
Téléphone : +33 4 34 35 96 55
Email : eric.soler@igmm.cnrs.fr
TUTEUR
Nom : Eric Soler
Fonction : Chercheur, DR Inserm
Téléphone : +33 4 34 35 96 55
Email : eric.soler@igmm.cnrs.fr
STAGE
Sujet :
Etude de nouveaux mécanismes de transformation oncogénique par microdélétions de bordures de domaines topologiques (TADs) dans les leucémies aigües lymphoblastiques T (LAL-T)
Description courte :
La leucémie aigüe lymphoblastique de type T (LAL-T) est une maladie hétérogène dont les altérations génétiques associées sont variées, mais dans de nombreux cas, les mécanismes d’activation oncogéniques restent non caractérisés. Ces dernières années, la caractérisation de l’organisation spatiale du génome a profondément évolué, montrant l’existence de domaines topologiques (TADs) qui structurent nos chromosomes et permettent de confiner l’activité des enhancers, en limitant les contacts ectopiques indésirables. L’identification de ces structures offre des perspectives nouvelles pour mieux comprendre l’impact de mutations non codantes du génome qui sont fréquentes dans les génomes tumoraux. En analysant une cohorte de 220 patients atteints de LAL-T nous avons identifié́ des remaniements récurrents de TADs et de leurs bordures, associés à une dérégulation locale de l’expression (onco-)génique. Nous souhaitons disséquer les mécanismes moléculaires sous-jacents, en combinant l’analyse de l’organisation spatiale de la chromatine, et les remaniements épigénétiques associés chez les patients porteurs des remaniements. Nous modéliserons ces altérations dans des modèles cellulaires pour apporter la démonstration du caractère causal de ces altérations génétiques dans l’activation oncogénique.
Activité :
– Analyses de la chromatine à partir de cellules de patients (xénogreffées)
– Génération de modèles cellulaires mimant les altérations chromosomiques des patients par approche Crispr/Cas9
– Caractérisation (expression génique, structure chromatinienne) des lignées cellulaires générées
Compétences requises :
– compétences en biologie moléculaire et analyse de la chromatine
– compétences en édition du génome par technologie Crispr
– compétences en cultures de cellules humaines et sélection clonale
Encadrement : L’étudiant(e) sera encadré par 2 personnels statutaires responsables du projet: une chercheuse (C. Andrieu-Soler, CR Inserm) et une clinicienne (N. Ranisavljevic, affilée à l’équipe). L’ensemble des techniques à employer sont maitrisées et utilisées en routine dans l’équipe. Des réunions hebdomadaires de suivi de projet avec l’ensemble ont lieu pour offrir un suivi optimal de l’avancée des travaux. Ce travail s’inscrit dans une collaboration de longue durée avec l’Hôpital Necker, Paris (Equipe du Prof. V. Asnafi).
Gratification de stage : Sur ressources propres de l’équipe d’accueil
Tutelle de stage : UM
